Le site est retenu au titre des habitats d'espèces pour quatre espèces animales d'importance communautaire:
- le Saumon Atlantique,
- le Chabot,
- la Lamproie de Planer,
- la Mulette Perlière.
Un site Natura 2000 a donc été mis en place sur le bassin de l'Airou pour préserver les habitats de ces quatres espèces.
Les dégradations du milieu sont décrites dans le document d'objectifs du site Natura 2000 "Bassin de l'Airou". Les principales sont:
- le manque d'entretien de la végétation des berges du cours d'eau,
- le piétinnement des berges de l'Airou par le bétail,
- la présence d'embâcles perturbateurs en travers de la rivière,
- les pollutions d'origines agricoles (ruissellement, érosion, etc.), industrielle et diffuses (collectivités, services de l'Etat et particulier)
- la présence d'ouvrages hydrauliques au sein et à l'aval du site,
Par conséquent, les principales actions à mettre en oeuvre sur le bassin de l'Airou sont:
- Restaurer et entretenir les fonctionnalités du cours d'eau,
- Assurer la libre circulation des poissons,
- Gérer les espèces,
- Maintenir la qualité des eaux.